Sejarah awal CyberSecurity Malaysia bermula dengan penciptaan Pasukan Respons Kecemasan Komputer Malaysia atau MyCERT pada 13 Januari 1997 sebagai unit di bawah Institut Sistem Mikroelektronik Malaysia (MIMOS).[3] Pada 24 Januari 1998, Majlis Teknologi Maklumat Kebangsaan atau NITC mencadangkan untuk menubuhkan sebuah agensi bagi menangani isu keselamatan ICT di Malaysia.[3] Hasilnya, Pusat Maklum Balas Keselamatan & Kecemasan ICT Kebangsaan (NISER) telah diwujudkan pada tahun 2001 sebagai sebuah jabatan di MIMOS Berhad, dan Pasukan Respons Kecemasan Komputer Malaysia (MyCERT) diletakkan di bawah NISER. Pada 28 September 2005, Kabinet memutuskan untuk NISER dipindahkan dari MIMOS Berhad sebagai entiti berasingan di bawah MOSTI. Pada 30 Mac 2007, NISER telah didaftarkan sebagai Syarikat Bukan yang Beruntung Terbatas oleh Jaminan (CLG), yang dimiliki sepenuhnya oleh Kerajaan Malaysia, di bawah bidang kuasa MOSTI.[3]

Semasa mesyuarat NITC No. 1/2006, Kerajaan memutuskan untuk memulakan proses pelaksanaan Dasar Keselamatan Siber Nasional (NCSP). NISER diberi mandat untuk memberi sokongan teknikal kepada Kerajaan untuk pelaksanaan NCSP. Untuk mencerminkan mandat yang lebih luas dan peranan yang lebih besar, NISER dinamakan semula sebagai CyberSecurity Malaysia. Pada 20 Ogos 2007, Perdana Menteri Malaysia merasmikan penjenamaan NISER ke CyberSecurity Malaysia, dan melancarkan jenama dan logo jenama CyberSecurity Malaysia yang baru.[3]